Pada masa Kerajaan Pajajaran, Bekasi merupakan salah satu daerah sangat penting karena letaknya yang sangat strategis sebagai daerah antara ke pelabuhan Sunda Kelapa.
Kekuasaan Kerajaan Pajajaran semakin surut setelah pelabuhan Sunda Kelapa jatuh ke tangan kalangan muslim dibawah pimpinan Fatahillah, menantu Sultan Demak (Pangeran Trenggana). Kehadiran kesatuan Islam di Sunda Kelama lambat laun telah menggeser kekuasaan Pajajaran.
Namun Sunda Kelapa kemudian diganti menjadi Jayakarta pada tanggal 22 Juni 1527.
Pada bulan April 1619 terjadi pertempuran antara Jayakarta melawan VOC. Akhirnya Jayakarta dapat ditundukkan oleh VOC pada tanggal 31 Mei 1619 dan wilayah kekuasaannya meliputi daerah kekuasaan Jayakarta sebelumnya, termasuk Bekasi.
Setelah VOC berkuasa, Jayakarta berubah menjadi Batavia, kota ini dijadikan basis utama bagai kekuasaan VOC dalam pengaturan ekonomi dan politik Hindia Timur. Tahun 1746 VOC memproklamirkan bahwa daerah pesisir utara pulau Jawa berada dalam kekuasaannya dan menjadi daerah yuridiksi kompeni, berarti semua pimpinan yang ada secara administratif harus mematuhi dan menggunakan hukum kompeni.
Sejarah Bekasi tidaklah dapat dipisahkan dari kolonialisme Belanda, pada saat itu Bekasi merupakan salah satu distrik (kawedanaan) dari Afdeeling/regenschap Meester Cornelis, yaitu Residensi Batavia yang dibagi menjadi tiga onderdistrik yang didalamnya terdapat tuan-tuan tanah dan dibagi lagi dalam kesatuan administrasi terkecil yang disebut kampung. Akibat diterapkannya system penguasaantanah secara partikelir, maka pada tahun 1869 terjadi pemberontakan petani Bekasi di Tambun. Pada tanggal 6 September berdiri Sarekat Islam Cabang Bekasi yang tujuannya ingin menyusun kekuatan untuk melawan tuan tanah.
Setelah pemerintahan Hindia Belanda takluk kepada Jepang, kemudian Jepang mengambil alih seluruh administratif pemerintahan dan keamanan sampai ke tingkat kampung. Sejak awal pemerintahan, semua partai politik dibubarkan sampai akhirnya terbentuk Poetera (Poesat Tenaga Rakyat) dan pada tanggal 8 Januari 1944 didirikan organisasi yang lebih luas yaitu Jawa Hokokai (Kebangkitan Jawa).
Saat Proklamasi Kemerdekaan dikumandangkan pada tanggal 17 Agustus 1945, kota-kota disekitar Jakarta seperti Tangerang, Bogor, dan Bekasi menyambutnya dengan semangat dan penuh suka cita, bahkan sempat menimbulkan kekerasan dengan cara melucuti persenjataan setiap tentara Jepang yang tertangkap dan tidak sedikit yang terbunuh.
Sejak itu di Bekasi muncul beberapa pergerakan masyarakat yang tujuaanya untuk melawan pendudukan Jepang yang kejam dan menyengsarakan rakyat. Pada tanggal 19 Oktober 1945 terjadi insiden Kali Bekasi dan tanggal 23 November 1945 dimulainya peristiwa Bekasi lautan api yaitu terjadi pertempuran antara masyarakat Bekasi dengan tentara sekutu.
Situasi tahun 1949 masih diwarnai pertempuran dan diplomatis, Bekasi masih merupakan kawedanaan, bagian dari Kabupaten Jatinegara. Kemudian awal tahun 1950 para tokoh masyarakat Bekasi membentuk Panitia Amanat Rakyat Bekasi, dan pada tanggal 17 Januari 1950 Panitia Amanat Rakyat mengadakan rapat raksasa dengan semua rakyat Bekasi. Dalam rakyat itu selain adanya beberapa tuntutan, rakyat Bekasi meminta kepada pemerintah agar Kabupaten Jatinegara diganti menjadi Kabupaten Bekasi. Setelah tiga kali pembicaraan antara bulan Februari sampai Juni 1950 akhirnya Moh. Hatta sebagai Perdana Menteri RIS menyetujui pembentukan Kabupaten Bekasi.
Penggantian nama Kabupaten Jatinegara menjadi Kabupaten Bekasi tertuang dalam UU No. 14 tanggal 8 Agustus Tahun 1950 tentang pembentukan kabupaten di Jabar serta memperhatikan PP No. 32 tanggal 14 Agustus 1950 tentang penetapan mulai berlakunya UU No. 12, 13, 14, dan 15 tahun 1950, dan realisasinya baru dilaksanakan tanggal 15 Agustus 1950 yang kemudian diakui sebagai lahirnya Kabupaten Bekasi/Hari Jadi Kabupaten Bekasi dengan Bupati pertama adalah R. Suhanda Umar, SH
